Cơ cấu tổ chức

1. Trung tâm có Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc Trung tâm thực hiện theo quy định.
2. Giám đốc Trung tâm là người đứng đầu Trung tâm, do Giám đốc Sở Xây dựng bổ nhiệm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Xây dựng, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm; làm chủ tài khoản của Trung tâm.
3. Các Phó Giám đốc Trung tâm giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Trung tâm phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Trong trường hợp Giám đốc Trung tâm vắng mặt, một Phó Giám đốc Trung tâm được Giám đốc Trung tâm ủy quyền chỉ đạo, điều hành các hoạt động của Trung tâm.
4. Việc bổ nhiệm lại, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, miễn nhiệm, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách khác đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm do Giám đốc Sở Xây dựng quyết định theo quy định của Đảng và pháp luật.
5. Giám đốc Trung tâm trình Giám đốc Sở Xây dựng thực hiện bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm Kế toán trưởng của Trung tâm.
Cơ cấu tổ chức
Các phòng chuyên môn và tổ chức tương đương phòng trực thuộc Trung tâm gồm:
a) Phòng Tổ chức - Hành chính;
b) Phòng Tài chính - Kế toán;
c) Phòng Kế hoạch và Đầu tư;
d) Phòng Quản lý kỹ thuật chất lượng;
đ) Phòng Quản lý hạ tầng;
e) Phòng Đăng kiểm phương tiện thủy;
g) Trạm Quản lý đường thủy số 1;
h) Trạm Quản lý đường thủy số 2;
i) Trạm Quản lý đường thủy số 3;
k) Trạm Lưu giữ - Quản lý thiết bị và phương tiện thủy.